在遥远的未来，神州·日本被各国分割统治，巨大的都市舰“武藏”航行于天际。随着历史再现的“圣谱”指引，一群胸怀不同信念与决意的学生们，将在这片重合的中世纪舞台上，展开关乎未来的学园国家抗争。

在宇宙纪元时代，基因调整者与自然人的冲突愈演愈烈。少年基拉·大和意外卷入战争，驾驶强袭高达被迫战斗，与昔日挚友阿斯兰在战场上重逢并成为敌对双方。这场围绕高达展开的科幻战争史诗，交织着热血战斗、深刻友情与残酷的命运抉择。